Nacido posiblemente en la ciudad francesa de Joigny, a la que su apellido parece hacer referencia, se establece en España hacia 1533, atraído por la importante actividad artística que se desarrolla en el reino de Castilla y aquí lleva a cabo una producción de tan alta calidad que pasa a convertirse junto con Berruguete en figura cumbre del manierismo hispano.
Su inspiración a veces tan directa en maestros italianos, nos permite suponer una visita a Italia, a su muerte se encuentran en Medina de Rioseco libros en “toscano”.
En 1537 modela Juni para el Convento de San Francisco encargados por don Fadrique los grupos escultóricas en barro cocido de “San Jerónimo” y el “Martirio de San Sebastián”. El San Jerónimo es la réplica más grandiosa del Laoconte.
Parece hacer esfuerzos titánicos para desasirse de unas invisibles ligaduras. En el grupo del martirio de San Sebastián, los tipos son italianos, que Weise ha señalado su inspiración en Rustici en su obra del baptisterio de Florencia.
Otra obra primorosa de Juni en Rioseco es el Retablo de la capilla de los Benavente dedicado a la Inmaculada Concepción.
En la profusa decoración de los Corral de Villalpando que inunda la capilla, este retablo se destaca por la grave expresión de todas sus figuras.
En 1573 el Cabildo riosecano encarga a Juan de Juni el Retablo de la Iglesia de Santa Maria siguiendo la traza de Gaspar de Becerra.
Tras la muerte de Juni, en el taller riosecano se encuentran terminadas las piezas de San Pedro y San Pablo, colocadas en el banco de dicha Iglesia. Juan de Juni en su testamento deja estipulado que Juan de Ancheta termine el retablo, el cabildo riosecano encargara la obra a Esteban Jordán.